必要なファイルはAP , PAのグラディエント方向を替えた2つの全脳画像です。

PA.dcm, PA.dcm

これをMRIcroGLでnii(nifti)画像に変換します。
この時にjsonファイルを作成します。
jsonファイルを開いて”PixelBandwidth”: 2441 (サンプリング周波数)を探します。

この値からエコーの間隔を計算します。1➗2441 x 64 (echos) =0.02522 (sec)

64はエコー数でおなじjsonファイルの”PhaseEncodingSteps”: 64,で確認することができます。

AP, PAは傾斜磁場の方向が異なるのでacqustion_paramter.txtファイルは以下のようになります。

0 -1 0 0.02622
0 1 0 0.02622

次に、AP, PAの画像を一つにします。この結合ファイルのコマンドでは出力としてAPPAとしました。AP.niiとPA.niiからAPPA.niiという結合したファイルが作られます。

fslmerge -t APPA.nii AP.nii PA.nii

次に、topupコマンドで出力します。出力ファイル名としてunwarped_imagesとしました。
topup –imain=APPA –datain=acquisition_parameters.txt –out=topup_results  –iout=unwarped_images