FSLのMRS処理拡張 programです。FSL-MRS　インストール方法

FSL-MRSはFSLをベースにMRSデータを処理するプログラムです。
①MRSデータをnifti形式に変換 ここではsiemens(Magnetom)でexportしたimaファイル(dicom形式)を変換します。
spec2nii dicom filename.ima -f filename_nifti →filename.nii.gz　ができる

②spectrumを表示する 0 ppm-6 ppmを表示
mrs_tools vis –ppmlim 0 6 file_name

③自動位相補正 (出力フォルダ名を指定する)
fsl_mrs_proc phase —file filename.nii.gz –output phased_directory_name

手動位相補正
fsl_mrs_proc phase –ppm 0 9 –file filename.nii.gz –output phase2 –verbose

fsl_mrs_proc fixed_phase –file filename.nii –p0 0 –p1 0.00005 –output output_filename

シミレーションBasisファイルの作成方法　(参考)

ファイルは、磁化の準備を説明する一連のブロックにシーケンスを分割します。各ブロックは、RFパルス、スライス選択グラデーション、オプションのグラデーションリフェーシング/クラッシングによる遅延、オプションのコヒーレンスフィルターで構成されています。
RFパルス(PRESS)
Slice Gradient
rephrase Gradient/ crash Gradient delay
coherent filter (PRESS [-1, 1, -1])

fsl_mrs_sim : シミレーションプログラム